学校现有第一临床学院、基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、护理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、人文社会科学学院、生命科学学院。